日本对农产品质量安全相当重视，其法律法规也较为健全，1999年日本国会通过了有关粮食、农业、农村的基本法，提出了有关提高食品安全性、确保食品品质、重视消费者需求的条款。农产品质量安全方面的立法包括食品卫生、农产品质量、投入品(农药、兽药、饲料添加剂等)、动物防疫、植物保护等5个方面。日本直接对社会发生行政执法行为的部门只有两家，即农林水产省和厚生劳动省；日本农产品质量安全标准主要分两类，一类是安全卫生标准，包括动植物疫病、有毒有害物质残留等；一类是质量标准。日本厚生劳动省颁布了 2000多个品种、1000多个残留限量标准；农林水产省已颁布7类、351种品质规格标准。
为了具体落实基本法，日本国会通过了《流通三法》，即《特定农产品加工经营改善临时措施法部分修正的法律》、《批发市场法以及食品流通结构改善促进法部分条款修正的法律》和《关于农林物资规格化及其品质正确标记部分修正的法律》 (简称修正JAS法)。

据报道，修正JAS法实施后，农林物资规格调查会经过多次讨论，公布了有机农产品(食品)的特定JAS规格，修正JAS法规定，有机农业的栽培条件是，果树和茶在收获前3年、蔬菜和稻米等在播种前2年不使用农药和化学肥料，但转基因作物和有放射线照射的作物除外。与此同时，被许可的有关肥料、土壤改良资料、农药、调节用的生产资料也有相应的规定。另外，规定在加工食品中，有机农产品的比重必须占95％以上，对可以使用的食品添加剂和药剂也有相应的规定。在标签上，必须标有“有机农产品”、“有机栽培农产品”、“有机 XX”等字样。如果是处于转换期间的，应在名称的前面或后面标有“转换期间”。

在规定必须标明有机农产品(食品)规格的同时，农产品(食品)是否确实按照所规定的标准进行栽培的，必须接受第三者的认定和证明。根据修正JAS法的规定，被农林水产大臣指定的登记认定机关，可以对食品制造商、生产者(生产工程管理者)和进口商的农产品(食品)进行认证。并且规定接受认证的业主有标记的义务。关于认定机关审查(认定)者的资格，规定大学毕业生必须有从事有机农产品生产3年以上经验，高中毕业生必须有 4年以上经验、并且在农业生产有指导、检查、试验研究方面的经验。没有学历的，则必须有5年以上从事农业生产的经验。

日本对进口农产品、畜产品以及食品类的检疫防疫制度非常严格，对于入境农产品，首先由农林水产省下属的动物检疫所和植物防疫所从动植物病虫害角度进行检疫。同时，由于农产品中很大部分用作食品，在接受动植物检疫之后，还要由日本厚生劳动省下属的检疫所对具有食品性质的农产品从食品角度进行卫生防疫检查等。

日本推广身份证制度，至少有三个目的：一是为了食品安全。农产品有了身份证，消费者一看便知是不是本国蔬菜，是不是绿色食品，有没有农药残留，新鲜不新鲜。二是突出特点，在激烈的农产品竞争中以质取胜。由于气候和土壤的不同，日本各地在蔬菜水果方面都有自己的特产，如岐阜县的甜瓜，加贺市的蔬菜等，只要身份证上标明产地，立刻就会出现品牌效应。即使价钱高一些人们也会接受。三是利用身份证保护本国农产品。由于日本农产品价格太贵，日本人基本上已经接受来自外国的农产品，特别是中国蔬菜，日本农产品在一定程度上受到了冲击。